Z obojživelníků můžeme zmínit mloka skvrnitého, čolka horského, který pro rozmnožování vyhledává čisté tůňky a stojaté vody a čolka karpatského, který je vázán na původní karpatské bučiny. Nejběžnějším obojživelníkem Beskyd je pak skokan hnědý, hojně se vyskytuje také kuňka žlutobřichá. Žijí zde také dva druhy ropuch. Zatímco ropucha obecná osidluje vyšší polohy (lesy, louky, pole i zahrady), ropucha zelená dává přednost bezlesí v nižších nadmořských výškách.
Obojživelníci jsou dnes ohroženi především zánikem tůněk, jejich znečišťováním a přímými ztrátami v době migrace na tahových cestách.
